ホールトマトを使って料理すると、そのまま入れると食べる時皮が入ってたりします。これを入らないようにするにはどうしたらいいでしょうか？

ざるで漉してみたらいかがでしょうか？

ホールトマトをさらさらにしたいときはざるで漉します。

トマトの果肉感を残したいときは、ボウルにあけて残った皮と固い筋をのぞいてから
手で軽く握りつぶして使います。

動画を付けますのでご参考に！（開始から48秒後）
（トマトソースとチーズソースのチキンカツの作り方）

http://www.youtube.com/watch?v=TwfVU6vmhQk

缶詰をボウルなどにあけてトマトをそうじしましょう。
（「そうじ」とは料理の専門用語で「下処理」のことです。）

水煮のトマトは基本的に皮は取り除かれていますが、
まれにヘタの所にくっついて残っています。
そうじはヘタをつまんで引き抜くだけですが、
皮が残っていればその時に一緒に取り除くことができます。
250gぐらいの缶詰ならトマトが4～5箇ぐらいなのですぐできます。
そのままボウルの中で果肉を軽く潰しておけば楽ですよ。

私の経験では缶詰のホールトマトで皮が入っていたことはないのですけどね。
裏ごしすれば入らないですね。